未能將測繪檔案庫房的結構信息、檔案密集架檔案實體存放的具體柜架和單元格位置等信息納入到檔案管理系統進行管理，除了庫房管理人員外，其他人員很難了解庫房的布局和結構。查找檔案時，雖然一部分實體可以依據密集架上貼有的內容標簽來定位，但效率較低。有些實體檔案甚至都沒有內容標簽提示，僅依靠庫房管理人員的個人記憶或查詢相應記錄來判斷。

  測繪檔案多為涉密性質，不僅包含了 大量秘密檔案，如1:5000、1:10000等紙質 地形圖，還包含大地測量控制點、1:50000 紙質地形圖等機密檔案。這些檔案資料的出入庫有嚴格的流程，以紙質地形圖的“出”（利用）為例。出庫時，工作人員根據利用清單人工逐幅去密集架上抽取地形圖并集中放置，然后由兩名工作人員逐幅圖與 利用清單進行核對，最后由領用人員核對確認，確保不能出錯。這樣依賴于人工層層把關，是在過去技術手段未能保障時的無奈選擇。但在信息技術迅速發展，特別在RFID 技術已經發展成熟并廣泛應用的今天，過度依賴于人工管理已經不合時宜， 效率低下的同時也并不能完全杜絕泄密的風險。